En 1989, André Barthélémy, directeur d’une agence de voyage associative et solidaire (ARVEL Voyages), se rend au Chili où il rencontre des militant∙e∙s qui dénoncent les violations des droits humains commises par le régime militaire de Pinochet. Frappé par le manque de ressources auquel sont confronté∙e∙s ces militant∙e∙s, il décide de rassembler un petit groupe de personnes pour mettre sur pied une association qui soutiendrait les défenseur∙se∙s des droits humains à travers le monde. Après trois ans d’existence informelle, en 1992, ils∙elles se sont constitué∙e∙s en association à but non lucratif.

L’année suivante, Agir ensemble obtient le statut d’observateur auprès de la Commission Africaine des Droits de l’Homme et des Peuples, en 1998, le statut consultatif auprès de l’Organisation des Nations Unies, et en 2022, le statut consultatif auprès de l’Organisation Internationale de la Francophonie.